经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用
—分子对接、片段设计、药效团模型、反向找靶等
尊敬的老师和同学，您好！
随着2013年诺贝尔化学奖的揭晓，美国三位科学家Martin Karplus, Michael Levitt与Arieh Warshel因其发展的分子模拟方法对生命科学与药物研发等领域发展的贡献而获奖，这从根本上承认了计算机模拟预测在化学、生物学领域的贡献，分子模拟工具已经成为了生命科学家不可或缺的预测工具。Discovery Studio（简称DS）作为面向生命科学领域的综合性分子模拟平台，在药物设计领域的应用已非常成熟，为药物化学家、计算化学家提供了最先进的药物设计工具。
根据广大Discovery Studio用户和其他从事生命科学研究人员的要求，也为了便于不同地区的老师和同学参加培训班，创腾科技有限公司将联合中国医学科学院药用植物研究所天然药物化学研究中心于2015年5月9日至11日在北京举办药物设计培训班。本次课程的培训主题是 “经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用——分子对接、片段设计、药效团模型、反向找靶等”，共为期三天。
如果您对分子模拟和Discovery Studio感兴趣，想要借助DS中多种经典的模拟技术辅助进行药物的虚拟筛选、药物分子的优化与改造、全新药物设计、药物潜在靶标的搜寻，以及药靶作用机制和药物构效关系的解释等工作，那么您可以参加此次的培训课程。通过本次培训课程，您可以快速掌握各模拟技术的核心原理并快速上机操作，将各模拟方法灵活应用到实际的研究课题中，解决实际的应用问题。
在本次培训课程中，我们会围绕DS4.1中多种分子对接算法、全面的基于片段的药物设计方案以及全方位的药效团模型构建方法及应用策略、基于目前市场上最大最全药效团模型数据库的反向找靶等技术方法展开介绍，探讨如何选择对接算法和打分函数，如何分析对接结果，如何选取不同的药效团模型构建方法，如何选取构建药效团的训练集，如何调整参数优化构建得到的药效团，如何改造优化先导化合物并且考虑可合成性，如何快速全面分析可能的潜在靶标等问题。
培训相关信息如下：
课程时间：5月9-11日，共三天（8日下午13:00-17:00报到并安装培训软件）
课程地点：中国医学科学院药用植物研究所南大门内北办公区研究生2教室
具体地址：北京市海淀区马连洼北路151号
课程名称：经典模拟方法在药物虚筛和改造、药靶作用机理解释以及药靶搜寻的应用
一、培训内容
本次培训班以Discovery Studio４.１软件的基础操作和应用为核心，针对药物设计中一些经典模拟方法，如分子对接、基于片段的分子设计、药效团模型、反向找靶等技术以及这些模拟技术在如下方向的应用进行介绍与上机操作：
- 先导化合物的发现：基于分子对接、药效团、LUDI片段设计的虚拟筛选；
- 先导化合物的优化：基于分子对接、药效团、基于化合物可合成性的片段设计、基于化合物电子等排体替换的骨架跃迁；
- 化合物构效关系的解释以及药靶作用机理的解释：基于分子对接预测药靶作用模式和关键氨基酸位点并解释构效关系、基于药效团预测化合物活性并间接解释药靶作用机制；
- 潜在靶标的搜寻：基于药效团模型数据库PharmaDB的反向虚筛。
二、培训形式
• 通过文献案例分析介绍每种设计方法的应用，及相应功能模块的原理介绍；
• 上机操作练习：讲解每种设计方法过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置（提供完整的培训教程）；
• 学员交流与讨论，工程师进行现场答疑答疑。
三、培训对象
没有或只有少量模拟研究经验，或刚开始使用Discovery Studio软件、希望进一步系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的药物研究人员。
四、培训电脑
学员需自带手提电脑，手提电脑推荐配置如下：
DS4.1安装所需的系统环境：Windows 7 （Professional & Enterprise完整版）64位；
硬件要求：
- Processor: Intel-compatible processor ≥2 GHz with x86_64 architecture
- RAM: ≥4 GB of memory
- Disk space: ≥20 GB disk space
- Graphics card: ati or nvida independent graphics recommended
- Mouse: Standard Microsoft 3-button mouse or 2-button wheel mouse
关于软件安装、卸载的特别说明：
此次安装的DS4.1软件仅限于2015年5月9日至11日的培训班使用！
5月8日下午13:00-17:00，由北京创腾科技有限公司的工程师在中国医学科学院药用植物研究所北办公区研究生2教室，负责为参加培训的学员安装DS4.1软件，并在培训结束后的5月11日下午统一卸载。
对于安装过软件的学员，在培训班结束后，需积极配合工程师的卸载工作，并承诺不将软件用作文章发表或者其它任何商业用途，对于不配合软件卸载工作、将软件用于文章发表或者其它任何商业用途的学员，北京创腾科技有限公司将保留追究其法律责任的权利。
对于确认报名参加此次培训班的学员，均视作已阅读、知晓并同意以上全部内容。
五、资格认证考试
本培训课程提供收费的资格认证考试。详情内容可参考附件2《北京创腾科技有限公司联合培养计划》。
六、课程费用
培训班费用： 3000元/人；
特惠价格：2400元/人
特惠条件：（以下两个条件均可享受优惠价格）
- 在4月30日确认报名并汇款.
- 同一单位超过2人参加（包括2人）
同一单位参加人数越多，会有更多惊喜折扣！
注： 1. 需要认证的学员需另付考试认证费，人民币800元；
2. 培训费包含听课费、资料费、上机费和午餐，住宿和交通费自理。
3. 统一开据发票内容为 “培训费”，发票将在培训期间发给学员，若您对发票内容有特殊要求请务必在回执中注明。
七、报名方式
报名方式： 登录创腾学院官网 http://training.neotrident.com/ 在线提交或下载报名回执。名额有限，报名从速，额满为止。
付费方式：
a、银行汇款（请在汇款时务必备注参加人员姓名）
户 名：北京创腾科技有限公司上海分公司
开户行：中国工商银行上海市分行浦东开发区白杨路支行
账 户：1001154119006907319
b、现金支付：培训现场可收取现金或刷卡。
八、周边住宿交通（供参考，请自行预定）
住宿参考（仅供参考，请自行预定）
宾馆名称：北京御苑会议中心 010-62896770
宾馆地址：北京市海淀区马连洼151号药用植物研究所院内 （近百望山森林公园）
注：该酒店位于药用植物所内，离培训地点很近，但房间较少，提醒学员提早预定住宿。
培训地点：中国医学科学院药用植物研究所北办公区研究生2教室
交通地图：北京海淀区马连洼151号中国医学科学院药用植物研究所南门
九、培训班联系人
创腾科技有限公司 市场部
电话：021-58353866-219（崔小姐），13916476330
021-58353866-233（陈小姐），13916858963
Email：market@neotrident.com
培训网站： http://training.neotrident.com/
创腾科技有限公司 生命科学部
2015年3月18日
附件一：培训班课程日程安排
附件二：北京创腾科技有限公司联合培养计划
附件一：培训班课程日程安排
日期
时间
内容
13:00-17:00
报到和注册
报到地点：中国医学科学院药用植物研究所北办公区研究生2教室
（北京海淀区马连洼北路151号）
5月9日
09:00-10:15
Discovery Studio基本界面
DS背景介绍，DS界面介绍，蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作。
10:15-10:30
茶歇
10:30-11:45
药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
药物虚筛流程的介绍，分子对接的核心与原理，蛋白活性位点定义方法，分子对接结果的分析，最优对接构象的选取方法，LibDOCK的原理等。
11:45-13:30
午餐
13:30-15:00
药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
15:00-15:15
茶歇
15:15-17:15
药物的虚拟筛选-分子对接LigandFit
分子对接算法的选取方法，打分函数的选取方法，虚筛真阳性分子命中率的提高方法，LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。
17:15-18:00
课程讨论及答疑
5月10日
09:00-10:30
蛋白-小分子作用机理研究-分子对接CDOCKER
关键氨基酸的识别与显示方法，作用机理的解释手段，CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
10:30-10:45
茶歇
10:45-11:45
蛋白-小分子作用机理研究-分子对接Flexible Docking
对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法，Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
11:45-13:30
午餐
13:30-14:45
基于片段的药物设计-LUDI
全新药物设计方法，分子的优化与改造方法，基于LUDI的虚拟筛选，LUDI的算法原理、参数设置技巧和实际操作技巧。
14:45-15:00
茶歇
15:00-16:15
基于片段的药物设计－Grow Scaffold／Replace Fragment
化合物改造的新方法，化合物电子等排体的替换方法，化合物片段生长的新方法，参数设置技巧和实际操作技巧等。
16:15-17:15
药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop
经典的基于配体的药物设计方法，训练集分子的选取依据，药效团模型的评价方法，基于药效团的虚筛方法。
17:15-18:00
课程讨论及答疑
5月11号
09:00-10:15
药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop
Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
10:15-10:30
茶歇
10:30-11:45
药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen
经典的基于配体的药物设计方法，训练集分子的选取依据，药效团模型的评价方法，基于药效团的虚筛方法。
11:45-13:30
午餐
13:30-14:45
药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen
HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
14:45-15:00